Řízení neziskové organizace je daleko více záležitostí nadšení než výplatní pásky. Navíc se nedá uplatňovat tradiční způsob rozdávání příkazů a následné kontroly využívaný v ziskovém sektoru. Podílníky váže silné emocionální spojení a osobní identifikace s cíli neziskových organizací. Úspěšní vůdcové se v tomto prostředí musí naučit rozvíjet tzv. kulturu přesvědčování. Každý člen organizace má svůj názor, zároveň je však třeba pečlivě volit směr, kterým se organizace bude ubírat.
Řízení neziskové organizace je také velice časově náročné. Neexistuje zde enormně rychlé rozhodování, které je v ziskovém sektoru běžné. Zatímco všude musí každý nový manažer dokázat, že umí vést obchod, zde musí navíc ukázat i svou duši. Jednou z nejnáročnějších výzev je naučit se měřit efektivitu v oblasti, kde se nepočítají peníze, ale nehmotné faktory změn chování a sociální péče.